V Narutu se nachází spousta různých seskupení ninjů, počínaje týmy na akademii, přes klany až po zločinecké organizace.
Klany
Klany v Listové
Klan Kaguya
Klan Kamizuru
Klan Kurama
Senju klan
Uchiha klan
Fuuma klan (Země Deště)
Fuuma klan (Země Zvuku)
Organizace a skupiny
ANBU
Dvanáct strážných ninjů
Legendární Sanninové
Ninja pošta
Sedm legendárních šermírů
Shitenshounin-skupina
Vojenská policie v Listové
Zločinecká organizace Akatsuki
Zvučná čtyřka